Ciao, il primo passo da fare consiste nel capire come abbiano fatto a modificare la tua index. Capito questo, a seconda di come abbiano fatto si sistema la falla, in modo che non possano più sfruttarla e quindi si ripristina la index.
Devi farti aiutare dai sistemisti del tuo fornitore di hosting, che indaghino e trovino il modo di sistemare il tutto.
Il fatto che ogni volta che sistemi la index, poi dopo poco (se ho capito bene) te la ritrovi modificata, mi fa pensare ad uno script che lo faccia in automatico, piuttosto che ad una persona che controlla il tuo sito e interviene manualmente.
Come possano aver fatto ad entrare, dipende da molti fattori e può essere avvenuto in molti modi diversi. E a seconda del livello di intrusione raggiunto, gli interventi da effettuare possono essere di diverso tipo, ma ti deve dire tutto il tuo fornitore.